Ce qu'il faut retenir :
- Notre organisme abrite DES microbiotes (dans la bouche, sur la peau, sur les yeux etc).
- Le mot "microbiote" fait généralement référence au microbiote intestinal.
- Nos premières bactéries nous colonisent à la naissance et varient selon le mode d'accouchement (voie basse ou césarienne) et selon les microbiotes de la maman.
- Le microbiote atteint une complexité, une stabilité et une diversité proche de celle de l'adulte au alentour de 3 ans.
Lorsque l'on évoque le "microbiote", on fait référence au microbiote intestinal. En effet, il n’existe pas UN microbiote mais DES microbiotes au sein de chaque organisme (bouche, peau, etc) (1).
C'est à la naissance que se fait la majorité de la colonisation bactérienne en fonction du mode d’accouchement, par l’inhalation, l’ingestion des microbiotes vaginal, fécal et cutané de la mère (par voie basse) ou du milieu hospitalier (par césarienne) (2).
Cette première étape de colonisation bactérienne constitue les fondations du microbiote qui pourront influencer la santé future de l’enfant pour le meilleur ou pour le pire, et dépend en grande partie de l’état du microbiote maternel.
Le microbiote atteint une complexité, une stabilité et une diversité proche de celle de l'adulte au alentour de 3 ans (3).
Plusieurs éléments permettent de qualifier le niveau de diversité bactérienne intestinale.
D’une part, une analyse qualitative avec la présence ou non de « bonnes ou mauvaises » bactéries.
D’autre part, l’analyse quantitative qui compte le nombre de bactéries différentes ainsi que le taux de chacune d’entre elles.
La notion de bonne et mauvaise bactérie n’a de sens que lorsque leur taux est suffisant pour exercer leurs fonctions, qu’elles soient bénéfiques ou non. Une bonne bactérie dont le taux serait augmenté, n’est pas une bonne chose. À l’inverse, la présence d’une mauvaise bactérie n’aura un impact négatif que si son taux lui permet d’exercer sa pathogénicité (4).
Il est important de comprendre que lors d’un appauvrissement de la diversité, il peut y avoir une perte de 40 à 50% d’espèces, ce qui représente une perte de plus de 200 000 gènes ! Cela veut dire que l’hôte ne bénéficiera pas de l’ensemble des fonctions que ces bactéries absentes étaient censées exercer.
Le maintien d’une bonne diversité bactérienne au sein du microbiote assure la conservation de fonctions bactériennes clés que nous allons aborder dans le prochain article.
(2) Gschwind R. et al. 2018 https://www.medecinesciences.org/en/articles
(3) Yatsunenko et al. 2012 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3417542/
(4) André Burckel, La Nouvelle Biologie, 2020