Ce qu'il faut retenir :
- La recherche a permis d'identifier et de caractériser une partie des bactéries qui compose le microbiote intestinal humain.
- On classe les bactéries de la manière suivante : Phyla > Classe > Ordre > Famille > Genre > Espèce > Souche.
- Les Firmicutes et les Bacteroidetes dominent dans le microbiote adulte sain.
- Le microbiote intestinal varie et évolue au cours de la vie.
La plus grande étude mondiale « The Human microbiome project » lancée aux USA en 2008, a permis d'identifier et de caractériser le microbiote humain. Un lien intime entre un déséquilibre du microbiote (ou dysbiose) et diverses maladies, a été mis en évidence grâce aux travaux remarquables de nombreux chercheurs ces dernières années (1).
Comme vous avez pu le voir dans l'article 1, on classe les bactéries de la manière suivante : Phyla > Classe > Ordre > Famille > Genre > Espèce > Souche.
D’après la représentation suivante de l’arbre phylogénétique des bactéries résidants dans le colon, deux phylums bactériens dominent dans le microbiote adulte sain, les Firmicutes et les Bacteroidetes.
Les autres principaux phylums bactériens sont les Actinobacteria (dont les Bifidobactérium), les Protéobacteria et les Verrucomicrobia (avec Akkermansia municiphila) (2) .
L’âge, les antibiothérapies, les multiples facteurs environnementaux mais surtout l’introduction de nouveaux aliments vont moduler directement la diversité du microbiote au cours de la vie (3).
Nous verrons dans le prochaine article en quoi le microbiote est important dans la santé intestinale.
(1) Cherbuy C. et al. 2013 https://www6.inrae.fr/
(2) Liu J-H. et al. 2020 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33033107/
(3) Ottman N. et al. 2012 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3417542/